电控发动机故障诊断的基本原则可概括为以下几点：
1 先外后内
在发动机出现故障时，先对电子控制系统以外的可能故障部位予以检查。这样可避免本来是一个与电子控制系统无关的故障，却对系统的传感器、电脑、执行器及线路等进行复杂且又费时费力的检查，即真正的故障可能是较容易查找到却未能找到。比较容易的方法是：发动机发生故障，首先观察系统的故障指示灯，如果指示灯没显示，则基本可以作为机械故障来进行处理。如果指示灯有显示，我们就可以通过闪码来知道故障位置，进而进行相应处理。
2 先简后繁
实际上发动机故障绝大多数都是比较简单的故障，电气系统的故障也是如此。我们可以首先对电气系统进行初步的检查，比如检查电控系统线束的连接状况：传感器或执行器的电连接器是否良好;线束间的连接器是否松动或断开;电线是否有磨破或线间短路现象；电连接器的插头和插座有无腐蚀现象等，检查每个传感器和执行器有无明显的损伤。
直接检查未找出故障，需要借助仪器仪表或其他专用工具来进行检查时，也应对较容易检查的或最有可能产生故障的地方予以检查。
3 闪码先行
电子控制系统一般都有故障自诊断功能。当电子控制系统出现某种故障时，故障自诊断系统就会立刻监测到故障并通过“检测发动机”警告灯向驾驶员报警，与此同时以代码的方式储存该故障的信息。这时我们应该按下发动机诊断开关，这时发动机故障指示灯会按顺序闪出闪码，我们可根据对应的手册查出闪码指示的故障，从而解决故障。
4 代码综合
如果前面所做的都解决不了问题，我们就需要利用专门的诊断仪对电控系统做一个全面的检测了。先确认代码故障，然后可利用诊断仪的各项功能对发动机进行具体诊断，比如，发现发动机喷油器某一缸喷油量为零，则可初步判断这一缸喷油器或者线束有问题，再进行下一步的排除就比较简单了。
5 换件排除
电控发动机的电气系统中线路发生的故障通常是配线盒连接器接触不良造成的，这时想要具体查处故障原因可能要耗费比较多的时间。在实际的维修过程中，为了能快速解决问题，排除故障，最便捷的方法莫过于在诊断出故障部件后采用新件替换，这样能够以最快速的方法解决问题。找到故障部件后，查找问题原因要容易的多。